Многие растения для ботанического сада были собраны по всей стране. При этом посадки деревьев и кустарников выглядят как естественные лесные массивы. Здесь можно увидеть множество различных видов клена и вишни. К примеру, в Японии произрастают 24 вида кленов, из них 22 растут в ботаническом саду Никко. Кроме того, здесь насчитывается 10 видов дикой вишни. В период цветения, а также осенью эти растения привлекают множество туристов. Любование красными листьями кленов – для японцев такая же традиция, как праздники в честь цветения сакуры.